Sarnaselt paljudele toiduainetele, ei ole enamiku funktsionaalsete jookide kohta antud välja kuigi palju regulatsioone. Neile kohaldatakse tavatoiduainete ja -jookide kohta kehtivaid seadusi, eeskirju ja ELi määrusi. Ainus erand on energiajoogid – nende suhtes on kehtestatud eraldi nõuded nii ELi kui ka riiklikul tasandil.
Toidualase teabe määrus (EL) nr 1169/2011 näeb ette erinõuded energiajookide märgistamisele. Märgistusele peab olema lisatud teave „Kõrge kofeiinisisaldus. Ei ole soovitatav lastele, rasedatele ega rinnaga toitvatele naistele“, millele järgneb viide kofeiini sisaldusele väljendatuna milligrammides 100 ml kohta (mg/100 ml). Seda määrust kohaldatakse otse kõikides ELi liikmesriikides.
Teine ELi määrus – toitumis- ja tervisealaste väidete määrus (EÜ) nr 1924/2006 – kehtib enamiku funktsionaalsete jookide kategooriate kohta, sest sellega reguleeritakse toitumis- ja tervisealaseid väiteid, millega antakse teavet või jäetakse mulje, et toidul on teatav soodne mõju tervisele. Määruse artikli 13 kohaselt nõuab Euroopa Komisjon, et Euroopa Toiduohutusamet esitaks teadusliku arvamuse terve rea tervisealaste väidete kohta. Nimekiri tervisealastest väidetest, mida on lubatud esitada toidu kohta, on kehtestatud komisjoni määrusega (EL) nr 432/2012. Lisaks nähakse toitainete lisamise määrusega (EÜ) nr 1925/2006 ette nõuded vitamiinide, mineraaltoitainete ja muude ainete toidule lisamise kohta. Loetletud ELi määrused on funktsionaalsete jookide suhtes kohaldatavad, kui märgistusel või reklaamides esitatakse toitumis- ja tervisealaseid väiteid ja/või kui need sisaldavad lisatud aineid, mis kuuluvad toitainete lisamise määruse (EÜ) nr 1925/2006 reguleerimisalasse.